3階展示室の壁面では、21世紀の草間の画業を代表する「わが永遠の魂」シリーズおよび、その後に制作が始まり、現在も続く最新の絵画シリーズ「毎日愛について祈っている」などを展示している。
草間の現在が示されているともいえるこれらの作品は、宇宙のイメージと結びついてもいる。トラウマと対峙し、病と闘いつづけてきた草間が辿りついた、ひとつの生態系を成しているともいえる絵画群。なかにはマーカーペンでメッセージが書かれた作品もあり、苦難のなかでも絵を描く草間の筆跡が、祈りのように鑑賞者にも響いてくる。
同階の壁面を覆うのは白地にピンクのドットを散りばめた、複数のキャンバスからなる巨大な絵画作品《ピンク・ドッツー星の墓場で眠りたい》（1993-94）だ。鮮やかなピンクのドットの反復を近くで見ていると、めまいにも似た感覚をおぼえる本作だが、これは草間が言うところの「自己消滅」を体現した作品ともいえる。自身の内面のみならず、周囲をも巻き込みながら消滅せんとする、圧倒的な自我に気圧されるだろう。
